Сградата на музея е построена в края на XIX век и първоначално в нея се помещава гръцко девическо училище. През 1906 г., в резултат огнената стихия, която опустошава града, зданието е частично повредено. След последвала реконструкция, извършена през второто десетилетия на XX век, в него се помещава българското училище Анхиалска непълна смесена гимназия ”Иван Вазов”, а по-късно в същата сграда се намира и „Анхиалска народна прогимназия”.